Crises sanitaires en agriculture Les espèces invasives sous surveillance Coll. Savoir faire

En agriculture, la question des crises sanitaires causées par des bioagresseurs invasifs est essentielle. En effet, l'intensification des échanges internationaux depuis le début du XXe siècle a provoqué une augmentation du nombre d'introductions d'espèces exotiques. Les conséquences de ces introductions peuvent être dramatiques pour les cultures. Cet ouvrage, en s'appuyant sur des travaux récents, permet de mieux comprendre la biologie de ces bioagresseurs pour venir en soutien des politiques de surveillance et pour proposer des solutions lorsque la crise est inévitable.

Introduction : la vulnérabilité de l’agriculture face aux crises sanitaires

Christian Lannou

Émergences, invasions et crises sanitaires

La fabrique des émergences

Un système d’assurance qui ne tient plus

Réduire la vulnérabilité sanitaire des territoires agricoles

S’organiser face aux crises sanitaires

Références bibliographiques

Partie 1. Biologie de l’invasion

1. L’anthropocène : l’ère des invasions biologiques et des crises phytosanitaires

Jean-Claude Streito et Guillaume Fried

Les différentes étapes du processus d’invasion

Pourquoi certaines populations deviennent-elles invasives ?

Conséquences sur les patrons d’invasion et leur évolution

Conclusion

Références bibliographiques

2. Reconstruire les routes d’invasion biologique par des approches de génétique des populations

Arnaud Estoup et Éric Lombaert

Reconstruire les routes d’invasion pour aborder des questions appliquées et académiques

Des méthodes de reconstruction des routes d’invasion de plus en plus performantes

Illustrations au travers de l’étude de deux envahisseurs emblématiques

Que nous apprennent les routes d’invasion ?

Limites et perspectives

Conclusion

Références bibliographiques

3. Invasions et processus évolutifs

Benoit Facon, Ruth A. Hufbauer et Julien Foucaud

Le processus d’introduction : un facteur-clé du devenir évolutif des populations envahissantes

Invasions et changements adaptatifs : où, quand et comment ?

De l’étude de cas particuliers à la formalisation de scénarios d’invasion

Conclusion

Références bibliographiques

4. Climat et invasions biologiques

Jean-Pierre Rossi

Qu’est-ce que le climat ?

Le changement climatique

Climat et aires de distributions potentielles

Conclusion

Références bibliographiques

5. Les scolytes du genre Xylosandrus à la conquête de l’Europe

Teddy Urvois, Jean-Pierre Rossi, Charles Perrier, Alain Roques, Marie-Anne Auger-Rozenberg et Carole Kerdelhué

Biologie des Xyleborini et risques d’invasion

Estimer l’aire de distribution potentielle sur la base des occurrences actuelles

Déterminer l’origine des populations invasives à l’aide de marqueurs moléculaires

Conclusion

Références bibliographiques

Partie 2. Détecter l’arrivée des envahisseurs et anticiper les prochains

6. Importance de la systématique pour anticiper et gérer les crises sanitaires

Jean-Yves Rasplus, Raphaëlle Mouttet et Astrid Cruaud

La taxonomie, science hypothético-déductive

La taxonomie, le parent pauvre des sciences de la vie

Les outils moléculaires de détection et d’identification et leur nécessaire validation par des taxonomistes

Les taxonomistes doivent maîtriser les outils moléculaires et morphologiques de dernière génération

La surveillance future nécessite que la systématique ait un futur

Conclusion

Références bibliographiques

7. Séquençage à haut débit pour la surveillance du territoire en santé des plantes

Astrid Cruaud et Jean-Yves Rasplus

De quels outils disposons-nous traditionnellement pour la surveillance du territoire ?

Que sont les technologies de séquençage à haut débit ?

Traitement bio-informatique des données et contrôles qualité

Les technologies de séquençage à haut débit : de la recherche à la surveillance du territoire

Conclusion

Références bibliographiques

8. Utilisation d’approches phylogénétiques pour mieux comprendre et prédire le potentiel invasif des espèces

Gael J. Kergoat, Christine N. Meynard, Guillaume Fried et Emmanuelle Jousselin

Vers une meilleure prise en compte de la diversité intraspécifique dans la prédiction du risque d’invasion

Reconstruire l’histoire des espèces et de leurs caractéristiques biologiques pour prédire les invasions

Intégration des phylogénies pour l’étude du potentiel invasif à l’échelle des communautés

Conclusion

Références bibliographiques

9. Anticiper les invasions et les détecter précocement

Alain Roques et Marie-Anne Auger-Rozenberg

Une détection très problématique des nouvelles arrivées

Les plantations sentinelles comme outil d’identification des envahisseurs potentiels

Le piégeage avec des attractifs à vocation générique pour une détection précoce des espèces envahissantes

Conclusion

Références bibliographiques

10. Les citoyens, sentinelles de la surveillance phytosanitaire ?

Jean-Claude Streito, Julien Papaix, Marguerite Chartois, Christophe Botella, Éric Pierre, Jean-Marc Armand, Jonathan Gaudin et Jean-Pierre Rossi

Utilisation des sciences participatives pour la surveillance des espèces exotiques envahissantes

Sciences participatives : des moyens humains et d’analyse importants

Spécificité de l’analyse des données

Limites et perspectives des sciences participatives

Conclusion

Références bibliographiques

Partie 3. Surveiller, analyser et anticiper

11. Les invasions biologiques à la lumière des modèles

Lionel Roques et Samuel Soubeyrand

Propagation spatiale

Effet Allee et événements d’introduction

Modèles épidémiques de type SIR

Invasions adaptatives

Conclusion

Références bibliographiques

12. Surveillance à l’échelle des territoires

Sylvain Poggi, Gaël Thébaud, Leyli Borner et Davide Martinetti

Surveiller pour prévenir l’introduction d’une espèce invasive dans un territoire

Surveiller pour prévoir et limiter l’expansion d’une espèce envahissante

Conclusion

Références bibliographiques

13. Des sentinelles sur les autoroutes aériennes d’agents phytopathogènes

Cindy E. Morris et Davide Martinetti

Une histoire déjà longue

Mécanismes impliqués dans la dissémination aérienne à longue distance

Modélisation de la DALD des agents phytopathogènes aéroportés

Surveillance des agents phytopathogènes fondée sur les trajectoires probables de dissémination aérienne

Conclusion

Références bibliographiques

14. Décrypter l’émergence de Xylella fastidiosa en Europe et surveiller son expansion

Marie-Agnès Jacques, Samuel Soubeyrand et Enora Dupas

Comment une faiblesse biologique peut être une force épidémiologique

Xylella fastidiosa : une espèce génétiquement diverse et une gamme d’hôtes démesurément grande

Une origine américaine pour Xylella fastidiosa

Agrandissement de l’aire de distribution via des introductions multiples

Réglementation européenne et mesures de surveillance

Évaluation du risque d’expansion de Xylella fastidiosa en Europe

Impact économique des maladies dues à Xylella fastidiosa

Conclusion

Références bibliographiques

Partie 4. S’organiser contre les crises sanitaires

15. L’économie des invasions biologiques : vers une hiérarchisation des stratégies de gestion

Pierre Courtois, Charles Figuières, César Martinez, Gaël Thébaud et Alban Thomas

Les coûts des invasions et des stratégies de gestion

Analyses coût-bénéfice et coût-efficacité

Quatre principaux arbitrages

Des outils de décision pour hiérarchiser les choix de gestion

Les enjeux de la gestion privée : inefficacité et coordination

Conclusion

Références bibliographiques

16. Un cadre réglementaire pour commercer librement tout en maîtrisant les introductions d’envahisseurs

David Caffier

Un cadre réglementaire international pour limiter les risques d’introduction d’envahisseurs

Organismes nuisibles, végétaux et autres produits à réglementer

Les principales mesures en place pour lutter contre les foyers d’organismes réglementés

D’autres réglementations pour maîtriser les invasions biologiques

Conclusion

Références bibliographiques

17. La surveillance active des menaces phytosanitaires émergentes : le défi de la mise en œuvre opérationnelle

Lucie Michel, Marie Grosdidier, Ismaël Houillon et Virginie Ravigné

Définir les menaces

Définir une stratégie d’échantillonnage

Mettre en place une organisation efficace

Gérer et exploiter les données

Conclusion

Références bibliographiques

18. La prophylaxie pour gérer les crises sanitaires lorsqu’elles s’installent : vivre avec la flavescence dorée de la vigne

Sylvie Malembic-Maher, Xavier Foissac, Fiona Panziera et Marc Barbier

Émergence et installation de la flavescence dorée en Europe

Panorama sur la gestion de la flavescence dorée à l’échelle européenne

Fortes spécificités régionales des dispositifs d’épidémiosurveillance de la flavescence dorée en France

Approches d’expérimentations collectives et multidisciplinaires pour le « vivre avec »

De la gestion collective à la fabrique du consensus

Conclusion

Références bibliographiques

19. Collaboration internationale contre les crises phytosanitaires : de la recherche aux normes

Baldissera Giovani, Sarah Brunel, Roger Day, Françoise Petter et Muriel Suffert

La coordination des activités de recherche en appui à la réglementation et aux activités de terrain

Renforcer les systèmes d’alerte et d’intervention contre les organismes nuisibles

Vers un réseau de laboratoires de diagnostic pour appuyer les pays dans l’identification des organismes nuisibles

Développer les compétences nationales par des collaborations internationales

Conclusion

Références bibliographiques

Conclusion générale

Glossaire

Liste des auteurs