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Principes des techniques de biologie moléculaire et génomique (3° Éd.) 3e édition revue et augmentée Coll. Savoir faire

Langue : Français

Auteurs :

Couverture de l’ouvrage Principes des techniques de biologie moléculaire et génomique
Cet ouvrage très didactique présente, sous forme de fiches, les principales techniques utilisées dans les laboratoires pour étudier le fonctionnement du vivant via les acides nucléiques. Après quelques définitions et généralités sur la structure des gènes, on y décrit les techniques de base en biologie moléculaire et génomique. Ces techniques consistent à extraire les acides nucléiques, à les découper, à récupérer des fragments d'intérêt et à les visualiser. Il s'agit également de les manipuler grâce aux techniques de clonage et de PCR (Polymerase Chain Reaction). Parmi les applications, le séquençage est une technique qui a grandement évolué ces quinze dernières années et qui n'est toujours pas stabilisée : nous aborderons ici les techniques de séquençage actuellement commercialisées et accessibles via des plateformes publiques ou privées. Autre application majeure, la manipulation des gènes par transformation génétique et mutagenèse permet une étude fine de leur fonctionnement. Plusieurs techniques de transformation génétique existent dont la nouvelle technique d'édition des génomes (CRISPR-Cas9) qui est décrite dans cet ouvrage. Enfin, la plupart des approches font maintenant appel à des stratégies dites « haut débit ». L'analyse des données ainsi générées nécessite de recourir à la bioanalyse et à la bioinformatique : cet ouvrage ne vise pas à donner toutes les bases de ces analyses, mais quelques applications y sont détaillées. Cette 3e édition revue et augmentée s'adresse aux étudiants et aux enseignants, ainsi qu'aux personnels travaillant dans des laboratoires manipulant les acides nucléiques.

Avant-propos
Remerciements
Liste des rédacteurs

Partie 1
Les bases
Fiche 1. Structure et expression d’un gène eucaryote codant un ARNm et une protéine
Fiche 2. Définition des ARN non codants
Fiche 3. Paramètres de description d’un génome
Fiche 4. Enzymes de restriction
Fiche 5. Électrophorèse des acides nucléiques
Fiche 6. PCR (Polymerase Chain Reaction)
Fiche 7. Description d’un plasmide et d’un phagemide
Fiche 8. Description d’un YAC et autres grands vecteurs
Fiche 9. Clonage moléculaire
Fiche 10. Transformation génétique des bactéries et des levures
Fiche 11. Construction de banques d’acides nucléiques
Fiche 12. Extraction d’ADN
Fiche 13. Extraction d’ARN
Fiche 14. Marquage des acides nucléiques (ADN et ARN)
Fiche 15. Hybridation moléculaire
Fiche 16. Hybridation in situ d’ARN
Fiche 17. La cytogénétique moléculaire : FISH, GISH
Fiche 18. Électrophorèse en champ pulsé

Partie 2
Caractérisation d’un gène
Fiche 19. Séquençage d’ADN par la technique Sanger
Fiche 20. RT-PCR (Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction)
Fiche 21. PCR quantitative
Fiche 22. Amplification rapide d’extrémités d’ADNc : RACE
Fiche 23. Transcription in vitro
Fiche 24. Détermination du site d’initiation de la transcription
Fiche 25. Gel-retard
Fiche 26. Production de protéines recombinantes
Fiche 27. Système du double hybride

Partie 3
Analyse de la fonction d’un gène par mutagenèse ou transgenèse
Fiche 28. Grands principes de la transgenèse et de la mutagenèse
Fiche 29. Transfert de gènes
Fiche 30. Transgenèse chez la souris
Fiche 31. Analyse de la fonction d’un gène par mutagenèse ou transgenèse chez les poissons
Fiche 32. Transgenèse chez Drosophila melanogaster
Fiche 33. Transgenèse de Caenorhabditis elegans
Fiche 34. Transgenèse stable des plantes par les agrobactéries
Fiche 35. Techniques de ARNi (ARN interférence)
Fiche 36. Transformation des plantes par agro-infiltration par Agrobacterium tumefaciens
Fiche 37. Analyse fonctionnelle de promoteurs
Fiche 38. Mutagenèse chimique du génome de drosophile
Fiche 39. Mutagenèse d’insertion
Fiche 40. Le TILLING (Targeting-Induced Local Lesions IN Genomes)
Fiche 41. Mutagenèse dirigée par le système CRISPR-Cas9

Partie 4
Approches haut débit
Fiche 42. Séquencer un génome : généralités
Fiche 43. Séquençage d’ADN par la technique Illumina
Fiche 44. Séquençage d’ADN par la technique Single Molecule Real Time (SMRT) : PacBio
Fiche 45. Séquençage d’ADN grande longueur par la technique Nanopore
Fiche 46. Séquençage d’ADN par la technique Ion Torrent™
Fiche 47. Séquençage d’ADN grande longueur « synthétique » par la technique 10X Genomics®
Fiche 48. Cartographie optique de génomes (Optical Mapping)
Fiche 49. La capture d’exons
Fiche 50. Métagénomique et métatranscriptomique
Fiche 51. Barcoding et métabarcoding
Fiche 52. Analyse des données RNA-seq (RNA sequencing)
Fiche 53. Interactions protéines-ARN à la résolution du nucléotide (iCLIP)
Fiche 54. Méthodes d’analyse du traductome
Fiche 55. Structure de la chromatine : introduction
Fiche 56. Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP)
Fiche 57. Analyse tridimensionnelle de la chromatine par Chromosome Conformation Capture : les techniques 3C, 4C-seq et Hi-C
Fiche 58. Techniques d’identification de régions génomiques accessibles à des régulateurs : FAIRE et ATAC
Fiche 59. Méthode de détermination du positionnement des nucléosomes : MAINE
Fiche 60. La méthylation de l’ADN

Partie 5
Étude du polymorphisme d’un génome
Fiche 61. Les principaux types de polymorphisme
Fiche 62. Microsatellites, répétitions de séquences simples : SSR
Fiche 63. Génotypage SNP (Single Nucleotide Polymorphism)
Fiche 64. Utilisation des polymorphismes : QTL, GWAS et scans Génomiques
Fiche 65. Détermination du polymorphisme par séquençage de nouvelle génération
Fiche 66. Approches populationnelles par séquençage en pools (Pool-Seq)
Fiche 67. Détection génomique de CNV par nouvelles technologies de séquençage
Fiche 68. Étude du polymorphisme par séquençage d’ADN associé à des sites de restriction (RAD-seq)
Fiche 69. Génotypage par séquençage : GBS (Genotyping By Sequencing)

Partie 6
Bioanalyses
Fiche 70. Assemblage de génomes
Fiche 71. Annotation de génomes
Fiche 72. Galaxy
Fiche 73. La programmation

Date de parution :

Ouvrage de 312 p.

16x24 cm

Disponible chez l'éditeur (délai d'approvisionnement : 3 jours).

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